一、纳税义务人同海关发生纳税争议如何处理

1、纳税义务人和海关发生纳税争议的，纳税义务人可以依法申请行政复议，对复议决定仍不服的，可以依法向人民法院提起诉讼。

2、法律依据：《中华人民共和国海关法》第六十四条纳税义务人同海关发生纳税争议时，应当缴纳税款，并可以依法申请行政复议;对复议决定仍不服的，可以依法向人民法院提起诉讼。

二、关税应纳税额如何计算

（一）进口货物以海关审定的成交价格为基础的到岸价格作为完税价格。

（二）实际成交价格是一般贸易项下进口或者出口货物的买方为购买该项货物向卖方实际支付或者应当支付的价格。

（三）到岸价格包括货价和货物运抵我国境内输入地点起卸前的包装费、运费、保险费和其他劳务费等费用。

（四）进口货物的到岸价格经过海关审查未能确定的，海关可以以下列价格为基础估定完税价格：

1.从该项进口货物同一出口国或者地区购进的相同或者类似货物的成交价格。

2.该项进口货物的相同或者类似货物在国际市场上的成交价格。

3.该项进口货物的相同或者类似货物在国内市场上的批发价格，减去进口关税、进口环节其他税收和进口后的运输、储存、营业费用及利润后的价格。

4.海关用其他合理方法估定的价格。

运往境外修理的机械器具、运输工具和其他货物，出境时已经向海关报明并在海关规定的期限之内复运进境的，应当以海关审定的修理费和料件费作为完税价格。