合同与补充协议可以一起签订。补充协议是指主合同中尚未约定，或者约定不明确的内容及条款进行再次补充约定的协议。所以不论是在合同签订中，还是在合同签订后，只要经过双方当事人和合意，都是可以签订补充协议的。

根据《民法典》第五百一十条规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。

主合同与补充协议是什么关系

“补充协议”或者称为“协议补充”，是指当事人对于合同中的内容没有约定或者约定不明确的，而达成的协议。“补充协议”是相对于已经存在的合同而言的，“协议补充”就是通过协议方式补充已经存在的合同中存在的漏洞。因此，已经存在的合同与“补充协议”之间是主从关系。已经存在的合同是主合同，“补充协议”是从合同．

《民法典》第五百一十条

合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。