当宅基地被他人恶意侵占，权利人可以通过以下三种方式维权：

1，与直接侵权人协商处理，要求停止侵权行为;

2，找当地村委会，派出所进行调解处理;

3，收集侵权的证据，然后去法院起诉，要求停止侵权，排除妨碍。

农村宅基地被侵占怎么办?首先应提供合法宅基地证据，如属合法宅基地，那么被侵占就是不合法的，此时可以用以上三种方式进行维权。

4、宅基地被非法侵占后，被侵占人主张赔偿的，可以和侵占人协商，如果协商不成，可以向人民法院起诉主张赔偿。

《中华人民共和国民法典》

第一千一百六十五条【过错责任原则】行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。

依照法律规定推定行为人有过错，其不能证明自己没有过错的，应当承担侵权责任。

《中华人民共和国民事诉讼法》

第三条适用范围

人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。