宅基地被他人占用三年是可以要回来的。宅基地办理了土地证书的，是可以要回被侵占多年宅基地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地。

一、非法建筑如何处理

1、违法占用集体土地或农用地进行建设，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地；

对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；

对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；

对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

2、未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门或乡镇人民政府责令停止建设；限期拆除或者予以没收；罚款。

3、对历史和原因形成的违建处理：应当组织规划、土地、执法等部门对于未办理关手续的建筑物进行认定，认定为合法的要给予补偿，认定违法的不予补偿；

但是也不能排除一些地方为实现拆迁速度，将一些历史原因形成的违章建筑强制拆除。

二、农田能不能建厂房？

不能在自己的农田地里建厂房。农田里建厂房的行为属于私自改变土地使用性质，这是违法的，属于非法占地，对于这种行为县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。

三、农民宅基地超占如何处理

农民宅基地超占，根据《土地管理法》第77条规定，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款;对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分;构成犯罪的，依法追究刑事责任。

超过批准的数量占用土地，多占的土地以非法占用土地论处。