关于借款协议中的合同无效判定问题，通常会依据以下几种情形进行考虑：首先，若借款协议违反了我国各项法律、行政法规所设定的强制性规定，亦或是与社会公共秩序以及善良风俗有所冲突，结合《中华人民共和国民法典》第一百五十三条之规定，此种情况下的借款协议有可能被视为无效。

其次，倘若借款协议乃是行为人与相对人之间恶意勾结，以损害他人合法权益为目的而达成的，依据《中华人民共和国民法典》第一百五十四条之规定，此类借款协议也有可能被认定为无效。

然而，在实际案件审理过程中，法院会根据具体案情进行深入分析和判断，其中涉及到的因素包括但不仅限于合同双方当事人的真实意图、合同条款的具体内容、合同履行状况等等，以此来确定借款协议是否具有有效性。

若经法院裁定借款协议无效，则借款纠纷将按照相关法律规定的合同无效后果进行处理，主要包括返还财产、赔偿损失等方面的事宜。

《中华人民共和国民法典》第一百五十三条

违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。

违背公序良俗的民事法律行为无效。