债务纠纷超过诉讼时效法院能制作调解书吗

我朋友小强于1998年借给其同学曾某三万元钱，言明借期一年。到期后曾某只归还了其中的一万元及利息。碍于情面，小强一直未向曾某催取。2002年10月小强因兄弟生病急需钱用，向曾某催要时两人发生争执。曾某以借款已过诉讼时效为由拒绝归还。无奈之下，小强向法院提起了诉讼。后在朋友的劝解下，小强与曾某达成协议，由曾某归还2万元借款，小强放弃利息。法院对两人的还款协议制作了调解书。现在曾某又以法院不能对已超过诉讼时效的债权制作调解书为由反悔，拒绝归还借款。请问，法院能否对超过诉讼时效的债权制作调解书进行确认，曾某应当履行该调解书吗?