1、政策制度不够落实。征地拆迁管理部门与征地拆迁实施单位应单独设置，形成第三方监督管理体系。但在实际操作过程中，相关业务主管单位既负责城镇规划区房屋拆迁和土地使用管理工作，还具体经办征地拆迁协议的签订并发放安置补偿等事宜，造成了既是运动员又是裁判员的运行模式，不利于征地拆迁工作的监督和管理。

2、业务资料不够完整。相关单位普遍存在征地拆迁业务资料整理不规范、不完整，原始丈量、确认资料不齐全，未按各征地拆迁项目形成规范的业务档案，有的业务原始调查资料与后期财务补偿数据之间存在出入，但不能说明原因。加之个别单位会计基础工作较差，补偿资金支付表册反映项目等内容不全，会计核算较混乱，账务处理不规范，给后期被拆迁人的查询和相关部门的检查带来了不便。

3、监管机构不够到位。相关业务主管部门与监督检查部门制度不落实，对征地拆迁补偿资金拨付和使用环节监管不到位，征地拆迁补偿费应拨数、实际拨付情况不明，对已拨付的补偿费管理使用情况未进行动态跟踪检查。

4、补偿标准不够明确。由于政府相关补偿标准文件滞后，对部分不可预见的具体征地拆迁补偿项目没有明确补偿规定。在实际操作中，有的征地拆迁承办单位为了完成任务而妥协，采取部分提高补偿标准的方式来息事宁人，给征地拆迁户范围及标准之外的补偿，在一定程度上人为造成了随意提高补偿标准，补偿金额明显超出实际情况等暗箱操作问题的产生。

5、资金使用效益不够明显。如2009年在对某县高速公路审计时，发现该县某村镇上级拨付的征地拆迁资金，有的直接拨付至乡镇财政所，有的直接指名拨付至村组人员。补偿安置资金未全部通过业务主管部门核算下拨，而是谁申请给谁拨付，同一项目分别给业务管理部门和实施单位拨付补偿款，导致产生重复拨付的问题。有的乡村通过采取多报、虚报面积和提高补偿标准等办法，套取补偿资金用于支付征地拆迁工程款、弥补工作经费等。