股权转让是企业转让其持有的股权的行为，而这个行为给企业带来的结果就是获取股权转让所得(或损失)。按照相关规定，企业股权转让所得属于转让财产所得，应以其股权转让收入扣除为取得该股权所发生的成本后的余额为股权转让所得。

在确认股权转让所得的过程中，笔者认为需要重点关注如下三点问题。

第一，允许扣除的股权成本为企业投资时实际交付的出资金额。对此，《企业所得税法实施条例》中已有明确：企业的各项资产，包括固定资产、生物资产、无形资产、长期待摊费用、投资资产、存货等，以历史成本为计税基础。前款所称历史成本，是指企业取得该项资产时实际发生的支出。企业持有各项资产期间资产增值或者减值，除国务院财政、税务主管部门规定可以确认损益外，不得调整该资产的计税基础。同时，《关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》(国税函[2009]698号)中规定：股权成本价是指股权转让人投资入股时向中国居民企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。

需要注意的是，如果最初投资时被投资企业出现股本溢价，计入了资本公积，那么对于被投资企业账面记载而言，其投资成本包括“长期股权投资”和“股本溢价”两部分，体现了资产计价的历史成本原则。对于这一点，可从《关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》(国税函[2010]79号)文中得到印证：被投资企业将股权(票)溢价所形成的资本公积转为股本的，不作为投资方企业的股息、红利收入，投资方企业也不得增加该项长期投资的计税基础。可见股权溢价形成的资本公积是初始投资成本的一部分，在计算股权转让所得时也应予以关注。

第二，股权转让收入不得扣除被投资企业留存收益中所可能分配的金额。关于投资企业享有的被投资企业留存收益的份额究竟能否在转让收入中扣除的问题，原内资、外资企业所得税法的规定并不相同。在2008年颁布了新《企业所得税法》后，国税总局对这一问题的口径终于统一，并在国税函[2010]79号文中予以明确，即：企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。也就是说，在股权转让中，没有实际分配的留存收益不能作为免税收入予以扣除。这一结论也与国税函[2009]698号文中论调一致，即：如被。持股企业有未分配利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。

对于股权转让溢价的问题，对于当事人来说最好的方式就是依据国家的有关法律进行权益的维护，但是对于具体的问题还是需要自己进行一定程度的利益维护，所以对于股权溢价不仅是市场决定，最为关键的就是自己的利益维护有着法律上的支持。