公司不服工伤认定结论的，可以在收到工伤认定结论6个月向法院提起行政诉讼，起诉时提交起诉书和相关证据。

《中华人民共和国行政诉讼法》

第四十六条公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。

因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。

第四十九条提起诉讼应当符合下列条件：

(一)原告是符合本法第二十五条规定的公民、法人或者其他组织；

(二)有明确的被告；

(三)有具体的诉讼请求和事实根据；

(四)属于人民法院受案范围和受诉人民法院管辖。

《工伤保险条例》

第五十五条有下列情形之一的，有关单位或者个人可以依法申请行政复议，也可以依法向人民法院提起行政诉讼：

(一)申请工伤认定的职工或者其近亲属、该职工所在单位对工伤认定申请不予受理的决定不服的；

(二)申请工伤认定的职工或者其近亲属、该职工所在单位对工伤认定结论不服的；

(三)用人单位对经办机构确定的单位缴费费率不服的；

(四)签订服务协议的医疗机构、辅助器具配置机构认为经办机构未履行有关协议或者规定的；

(五)工伤职工或者其近亲属对经办机构核定的工伤保险待遇有异议的。

一、工伤认定在哪里申请

一般是去工作单位所在地的县级人力资源和社会保障局申请工伤认定。制作《工伤认定申请书》，填写《工伤认定申请表》连同其他资料交至人社局，人社局一般会在一个月内作出处理。职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。

用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。