施工合同备案由建设单位负责办理。

施工合同即建筑安装工程承包合同，是发包人和承包人为完成商定的建筑安装工程，明确相互权利、义务关系的合同。

《中华人民共和国建筑法》第三十一条实行监理的建筑工程，由建设单位委托具有相应资质条件的工程监理单位监理。建设单位与其委托的工程监理单位应当订立书面委托监理合同。

《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》(建设部第89号令)第四十七条规定：“订立书面合同7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。”

建设工程施工合同是招标文件的重要组成部分，明确了建设工程发包人和承包人之间的权利义务，是保护建设工程发包人和承包人权益的依据。建设工程施工合同一经生效之后，即具有法律效力，工程发包人和承包人双方就产生了法律上的关系。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”建设工程施工合同备案对规范填写施工合同内容，规避“阴阳”等有着重要的意义。

一、备案合同和实际合同不一致

工程备案合同与实际施工合同不一致，需要以备案合同为准来进行结算。依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条的规定：当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。应当注意的是，不是必须招投标的工程项目。