在不同的医疗纠纷中举证责任的分配是不同的，

其一，在医疗侵权诉讼中，举证责任实行的是举证责任倒置，这是《若干规定》的明确规定，是法定的举证责任倒置。

其二，对于事实清楚的较简易的其他医疗纠纷案件，原告择以违约之诉的，应适用无过错归责原则，参照《民事诉讼法》的规定，实行谁主张，谁举证，由主张违约方承担举证责任。鉴于医学科学的复杂性和患者个体的差异性，一般不能将治疗效果作为合同的标的。在目前我国民法体系中，医疗侵权诉讼中实行的是举证责任倒置，《若干规定》中，也将医疗侵权纠纷的归责原则界定为过错推定原则，上述立法本意，旨在平衡医患关系，保护患者合法权益、保障人权，同时也防止片面加重医疗方的负担。对于绝大多数医疗纠纷案件，选择过错推定的侵权之诉明显有利于患方，但是，不可否认的是，某些其他医疗纠纷当患者选择违约之诉时，则适用无过错责任原则归责，这样更有利于受害方权益的保护，对于此类案件则可以参照《民事诉讼法》的规定，实行谁主张，谁举证。

其三，还有的医疗纠纷中存在这样的情况，因为患者掌握着重要的证据，比如病例、ct片、x光片等，如果发生争议，让医疗机构举证根本不可能，因为这些证据在患者出院之后往往已经带走，如果此时让医疗机构承担举证责任，那么患者拒不出示的话，医疗机构只能承担举证不能的后果，随之而来的也只能是医疗机构的败诉，这种情形是有违公平这一原则和精神的。