司机肇事逃逸交强险仍然会赔偿。逃逸行为不是交强险拒赔的情形，只有存在以下情形交强险才不予赔偿：

1、道路交通事故的损失是由受害人故意造成的，保险公司才不予赔偿。

2、保险公司对被保险机动车发生道路交通事故造成本车人员、被保险人的人身伤亡、财产损失不予赔偿。

3、有下列情形之一的，保险公司在机动车交通事故责任强制保险责任限额范围内垫付抢救费用，并有权向致害人追偿：

(一)驾驶人未取得驾驶资格或者醉酒的；

(二)被保险机动车被盗抢期间肇事的；

(三)被保险人故意制造道路交通事故的。交通肇事后逃逸行为不属于以上情形之一，因此应当赔偿。

一、交强险的赔偿程序

1、交强险申请理赔如涉及第三者伤亡或财产损失的道路交通事故，被保险人应先联系120急救电话(如有人身伤亡)，拨打122交警电话，并拨打保险公司的电话报案，配合保险公司查勘现场，可以根据情况要求保险公司支付或垫付抢救费。

2、保险公司应自收到赔偿申请之日起1天内，书面告知需要提供的与赔偿有关的证明和资料；自收到证明和资料之日起5日内，对是否属于保险责任作出核定，并将结果通知被保险人。对不属于保险责任的，应当书面说明理由。对属于保险责任的，在与被保险人达成赔偿保险金的协议后10日内，赔付保险金。

二、交强险的注意事项

1、交强险的强制实施肯定是有它的必要性，可以使机动车道路交通事故受害人赔偿得到保障，促进道路交通安全。交强险为交通事故受害人提供及时和基本的保障，购买是必要的。所以说所有的车主都必须进行投保。

2、交强险在赔偿的时候，会涉及到一个财产损失，需要明确这个财产损失的定义是什么，财产损失是指被保险机动车发生道路交通事故，直接造成事故现场受害人现有财产的实际损毁。