一、医学会与医疗机构有着千丝万缕的关系，医疗事故鉴定的公正性值得怀疑。首先，看似中立的医学会实际上并非完全独立于医疗卫生系统，国家每年只拨给医学会很少的运作经费，医学会得以正常运作是靠医疗卫生系统的支持。因此，医学会不敢得罪“后台老板”。其次，医学会所组织的鉴定专家全部是卫生系统的医生，如此换汤不换药的改革自然难以根治医疗事故鉴定之痼疾。所以难怪有人说，以前是“老子给儿子鉴定”，现在是“老子给侄子鉴定”，或者说是“兄弟姐妹相互鉴定”。

二、最高人民法院关于证据规定的效力高于《医疗事故处理条例》。从法理上来说，最高人民法院对处理医疗纠纷的司法解释是关于民事诉讼程序的规定，其效力要比行政法规高。也就是说，《关于民事诉讼证据的若干规定》的效力比《医疗事故处理条例》的效力要高。最高人民法院副院长李国光在《突破民事审判新难点》讲话中对此作过专门阐述：“医疗事故鉴定结论只是人民法院审查认定案件事实的证据，是否作为确定医疗单位承担赔偿责任的依据，应当通过法庭质证。”、“是否构成医疗事故，不是认定医疗过失损害赔偿责任的必要条件”。否则，就是鉴定牵着审判的“鼻子”走，是鉴定人员代替法官行使审判权。

三、法官有权依据实践经验审查判断医疗事故鉴定结论，并对不合情理的鉴定结论不予采信或部分采信。按照《关于民事诉讼证据的若干规定》的规定，法官有权对鉴定结论进行实质性的审查，并可依据审判实践经验审查医疗事故鉴定人员、组织、程序及结论的合法性，作出自己的判断，对不合法的鉴定结论不予采信。对经鉴定不构成医疗事故，或者构成医疗事故但认定承担部分责任的，法官可以依照社会阅历和生活经验对医疗过错作出识别和判断，对医疗事故鉴定结论全部不予采信或部分采信。这就是司法认知原理在医疗纠纷案件中的应用。