重组后承担的债务不能扣除。法律规定公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。如果重组之后扣除债务的，无疑是侵犯了债务人的权利。

一、如果分公司合并该怎么办

公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。

二、两个有往来的公司合并要怎么处理

公司合并可以采取吸收合并或者新设合并。一个公司吸收其他公司为吸收合并，被吸收的公司解散。两个以上公司合并设立一个新的公司为新设合并，合并各方解散。公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。

三、转让后有隐藏债权的公司谁承担

这里要分情况而定。如果转让时双方签订了债务也一并转让的约定，并且债权人也同意债务转让的话，那么原企业的债务由转让后的企业承担；如果没有约定，那么需要清偿债务后再转让。这里最重要的，是“债权人同意”。公司合并分为吸收合并与新设合并两种方式，不管采用何种合并方式，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。有限责任公司分立的，分立前的债权债务一般由分立后的公司承担连带责任，公司不得以分立的方式逃避公司债务。由此可以看出，无论是转让还是合并，其债务关系都不会随之消失，而是转移到新的主体上。