1、产权不明导致的纠纷。

由于对被并购企业的产权没有进行界定或界定不合理，或者未向有关部门办理相关法定手续，导致产权不明。并购后容易造成并购方与被并购企业产权相关人的产权确认纠纷，部分并购的容易造成股东之间、新老股东之间对资产价值和应承担的义务发生争议而引发诉讼。

2、主体不适格导致的纠纷。

一是出售企业的主体不够明晰，如由于国有资产所有者缺位或不明确或不落实，往往出现出售企业的主体不明确，导致被出售的国有企业以出售者的身份，与购买者订立企业产权转让合同，即企业自己卖自己。国家作为国有企业的出资主体，属于国家的产权份额，理应由国家出售。而国家是个抽象的概念。似乎都可以又都不可以。二是购买主体不适格。如有些被并购企业的经营范围是不允许外商经营的，却由外商收购经营；又如购买方是自然人，作为国有资产的企业出售给个人后，其资产性质(企业性质)相应也发生了变化。根据我国法律规定，个体自然人设立的私营企业不具备法人资格，只有两个以上的自然人方能成立具有法人资格的独立主体。当购买企业方为个体自然人时，其对原企业的法人主体资格往往不去变更登记为私营企业。这时,该企业的经营和法人登记便与法律发生了冲突。

3、行政干预导致的纠纷。

各级人民政府代表国家对国有企业行使所有权，是在计划经济体制下形成的观念，这一观念根深蒂固。有的国企被出售或兼并后。一些地方仍不承认企业出售后其他投资者的股权，以致酿成纠纷。有些政府主管部门强行要求企业并购或被并购，有些则将自愿合并的企业强行拆开，从而导致许多并购纠纷。有些国有企业因并购而由非国有经济主体占控股地位，但政府部门仍直接任命企业领导人，从而导致纠纷。

4、操作不规范导致的纠纷。

在企业并购与转制过程中，由于一些法人法制意识，操作不规范，引发各类案件不断增多。如对购买方资信和经营能力了解不够即出售国有企业，导致纠纷；为赶进度，急于求成，资产未评估就出售，未确定资产价值，即由领导拍脑袋定资产价值；企业并购合同或协议中权利义务约定不明导致纠纷；企业并购后，被并购企业未及时向工商管理部门办理有关并购后的变更或注销手续，导致民事法律关系的复杂化，由此引发诉讼案件。