1.工程项目管理内部审计观念落后。由于我国长期以来，在工程领域一直都是以财务收支审计为主，很少问及工程管理和内部控制，导致工程管理单位人员对内部审计存在偏见，认为工程项目内部审计只是财务收支审计。很多人对开展内部审计的必要性缺乏全面的认识，对内审工作不够重视。只知道内审的约束作用，不了解内审的服务和保护作用，认为内审工作可有可无。所有这些认识上的滞后和不到位，都严重妨碍了内部审计在工程管理领域的开展。

2.工程项目管理内部审计机构独立性差。独立性是内部审计的基本特征，而内部审计在组织、人事关系和经费来源方面都隶属于本系统或本单位，内部审计审什么、怎么审、审计结果如何处理、审计建议能否落实等都要受予被审计单位同属一个系统、一个单位决策层的管辖，这就决定了内部审计的独立性是有限的。在工程管理单位管理机构的设置上，往往存在仅考虑行政管理之便而忽视组织结构合理性的问题。目前工程管理内部审计由于受到管理权限的影响，导致内部审计独立性严重损失，致使内审工作局面难以打开，职能作用难以充分发挥。

3.工程项目管理内部审计工作存在偏差。在工程项目内部审计工作中，内部审计机关进行内部审计的整体目标应当是审核、检查、评价被审计单位的内部控制经济活动是否合理、有效，揭示被审计单位管理中的薄弱环节，提出改进意见，以帮助建设单位提高投资效益。但是，目前在审计观念上内部审计仍以查错纠弊为主，忽视了对项目经营管理的全面评价。审计的内容侧重检查项目财务收支及其有关经济活动的合法性，而缺乏对其真实性的审计。

4.内部审计人员整体素质不高。工程管理内部审计属于专业性比较强的审计，具有综合性，审计技术与方法更加复杂，审计人员只具备财务、审计方面的知识是远远不够的，还必须通晓管理和工程造价等多方面的知识。然而目前大部分内部审计人员是从财务部门分离出来的，知识水平限于财务会计，专业知识单一，缺乏经营管理、造价预算等相关的知识，而且内部审计机构中一般尚未配备工程技术人员，相当一部分内部审计人员根本不懂工程。如此的人员构成根本不能适应工程项目内部审计工作的需要。因此人员组织结构很难适应工程管理内部审计工作的要求，不利于对工程管理进行全面、客观、公正的分析评价。