股权转让协议纠纷主要发生在以下方面：

1、名义股东未经实际出资人同意处分股权；

2、公司未根据法律规定签发出资证明书、记载于股东名册并办理公司登记机关登记；

3、有限责任公司的股东向股东以外的人转让股权，未就其股权转让事项征求其他股东意见。

一、要如何认定隐名股东

认定隐名股东的办法：

1、隐名股东有充分证据证明已经实际出资或认缴出资。

公司股权的确认，不能简单机械地适用股东名册、工商登记资料等，要充分考虑实际出资人的权益，一般来说，谁实际出资，谁就拥有最终的股权；

2、有限责任公司半数以上其他股东明知实际出资人出资；

实际出资人未经公司其他股东半数以上同意，请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记的，人民法院不予支持。换句话说，其他股东明知隐名股东存在的，也就是默认同意隐名股东持有股权，故应该认定隐名股东持有股权；

3、公司一直认可其以实际股东的身份行使权利的。这是不少隐名股东确认股权的实质性条件，值得注意；

4、不违反法律法规强制性规定。

当然了，对隐名股东而言，只要已经实际出资的都可以向公司要求确认股权，只要经过半数以上股东同意，在原显名股东同意及协助下，就可以办理工商变更登记，成为显名股东了。

二、公司怎么添加股东

公司添加股东可以通过转让部分股权的方式，具体的流程为：

1、经过其它股东过半数同意，将股权转让给其他股东以外的人；

2、签订股权转让协议；

3、签发出资证明书，并修改公司章程。

根据《公司法》第七十三条的规定，依照本法第七十一条、第七十二条转让股权后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。对公司章程的该项修改不需再由股东会表决。

三、未取得股东资格转让股权有效吗

如果未取得股东资格，对股权是没有处分权的，股权转让行为是无效的。有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。