股权转让协议纠纷主要发生在以下方面：1、名义股东未经实际出资人同意处分股权；2、公司未根据法律规定签发出资证明书、记载于股东名册并办理公司登记机关登记；3、有限责任公司的股东向股东以外的人转让股权，未就其股权转让事项征求其他股东意见。

股权转让纠纷案件

（一）因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖；

（二）因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖；

（三）因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。

所以股权转让纠纷并不是民事诉讼法中专属管辖的案件，应该是按合同纠纷进行管辖，由股权转让合同履行地法院进行管辖。专属管辖有分为国内专属管辖与涉外专属管辖。

《中华人民共和国公司法》第七十一条有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。