一、运用主体不同。解除劳动合同的运用主体可以是用辞职，自动离职（又称擅自离职）是指劳动者解除与用人单位劳动关系的行为；

二、适用原因的性质不同，解除劳动合同适用的原因是双重性质的，既有惩罚性的，又有非惩罚性的。而辞职不具有惩罚性，自动离职往往是一种违法行为。

《中华人民共和国劳动合同法》第五十条

用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。

劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。

用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。