货物运输合同的计税依据为运费收入，不包括所运货物的金额、装卸费和保险费等。

1、对国内各种形式的货物联运，凡在起运地统一结算全程运费的，应以全程运费为计税依据，由起运地运费结算双方缴纳印花税；凡分程结算运费的，应以分程的运费作为计税依据，分别由办理运费结算的各方缴纳印花税。释义：比如国内联运，从上海到天津，再从天津到北京，如果是从起运地上海统一结算运费，则起运地结算双方，也就是托运方和上海的承运人，对“上海到天津，再从天津到北京”的运费贴花。如果是上海到天津，天津到北京，分别计算运费，则货主与上海承运人，货主与天津承运人，分别对这两段运费贴花。

2、对国际货运，凡由我国运输企业运输的，运输企业所持的运费结算凭证，以本程运费为计税依据计算应纳税额；托运方所持的运费结算凭证，以全程运费为计税依据计算应纳税额。由外国运输企业运输进出口货物的，运输企业所持的运费结算凭证免纳印花税，托运方所持的运费结算凭证，应以运费金额为计税依据缴纳印花税。释义：比如从成都运输到大连，再运输到美国，成都的承运人对成都到大连贴花，托运人对全程贴花。如果是从美国运输到大连，托运方贴花，国外提供运输的企业免税。

国际货运，如果由我国企业运输，我国企业按本程运费计算纳税。托运方全程运费计算纳税。将货物运往境外，境内的部分的运费40万，境外的部分30万，境内运输企业就40万计算印花税，境外部分的运费不缴纳印花税。

托运方按70万计算印花税。如果由外国企业运输进口货物，外国企业一方免征印花税。托运方所持结算凭证缴纳印花税。还有一个特殊情况，就是国际货运运费结算凭证在国外办理的，应在凭证转回我国境内时缴纳印花税。

一、货物运输合同纠纷分为哪几类

1、单证纠纷。

单证纠纷主要发生在承运人和托运人之间。此类纠纷包括：因单证瑕疵引起的纠纷；因承运人签发单证时的失误引发的纠纷；因托运人未与收货人达成协议，却要求签发特殊单证（倒签或预借提单）而在承运人与托运人之间产生的纠纷。

2、货物损失、灭失的纠纷。

该类纠纷一般发生在承运过程中。造成此类纠纷的原因很多，可能是由于托运人自身的过失造成的，如包装不良、标识不清引起，也可能是承运人的过错造成的，如积载不当、操作失误、运具选择不当等。另外，还有不可抗力造成的货物损失、灭失，应根据风险分配原则分担风险。

3、延迟交付纠纷。

这是指因承运人在合同约定期限以后进行交付而发生的纠纷。纠纷发生的原因主要有：因承运货物发生交通事故；因积载能力而必须将货物延迟发送；因过失造成中转滞留；因某种原因而绕行导致发生纠纷。

4、运杂费纠纷。

这是因为托运人或收货人的故意或过失，未能及时或全额交纳运费，以及因在履行合同中所发生的其他费用而发生的纠纷。

5、运输工具损害纠纷。

这是指因托运人的过失，造成对承运人的运输工具损害而引发的纠纷。

二、如何确定运输合同的始发地

合同中有明确的约定期间，通常情况下，双方应当按照约定期间履行合同；但在遇到不可抗力或其他意外事件而不得不延长约定的期间时，承运人应当在合理期间内完成运输义务，即双方按照合理期间来履行合同。

所谓约定期间是指，承运人和旅客或托运人在运输合同中约定的运输到达日期、时点或时段。通常，在客运合同中，约定期间在车票、机票或船票上载明；在货运合同中，约定期间在货物运单上载明。承运人未按照约定的时间将旅客或货物运到约定地点的，应当承担违约责任。

所谓合理期间是指，合同双方为约定具体的运输期间时，按照有关交通运输管理部门的规定或行业习惯规定的运到期间；或在运输的过程中遭遇不可抗力或其他意外事件而不得不延长运输期间的，事件消除以后剩余的约定或者规定的运输到达期间应视为合理期间。在后一种情况下，因为不可抗力或其他意外事件是承运人延长运输期间的合理事由，所以在遇到不可抗力或其他意外事件时，承运人应当向旅客或托运人说明情况，双方可以再约定期间或者按照具体情况来决定运输期间。