一、收到上级法院改变管辖决定书后怎样处理

1、人民法院收到上级法院改变管辖决定书后，按以下情形处理：

(1)、对公诉案件，应当书面通知同级人民检察院，并将案卷材料退回，同时书面通知当事人;

(2)、对自诉案件，应当将案卷材料移送被指定管辖的人民法院，并书面通知当事人。

2、法律依据：《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第二十二条

二、刑事案件指定管辖的适用情形有哪些

1、由于特殊原因，有管辖权的法院不能行使管辖权。

在这方面，对管辖权的归属没有任何疑问和争议，但这种明确的管辖权不能行使，原因如下：

（1）事实原因：由于自然灾害、战争、事故等不可抗拒的客观事实，法院实际上不能行使其职能;

（2）法律原因：某些事实的存在符合法律规定，这使得主管法院在法律上无法审理或继续审理案件。如果当事人申请撤诉，或者法院制定规则，法院工作人员是案件的当事人，法院不适合审判等等。

2、法院间管辖权争端

如果下级法院对特定行政案件的管辖权存在争议，则应相互协商。如果谈判失败，他们可以向共同的上级法院报告，上级法院应以指定的形式解决冲突或争议。从实际的角度来看，主要存在这样的情况：

（1）积极的冲突，即两个或两个以上的法院认为他们对案件具有管辖权;

（2）它们是负面冲突，即两个或两个以上的法院认为他们对案件没有管辖权，它应被其他法院接受。