1、检察院提起公诉后，人民法院改变管辖的，按以下情形处理：

（1）提起公诉的人民检察院参照人民检察院刑事诉讼规则的规定将案件移送与审判管辖相对应的人民检察院。

（2）接受移送的人民检察院重新对案件进行审查的，自收到案件之日起计算审查起诉期限。

2、法律依据：《人民检察院刑事诉讼规则》第三百九十一条

检察院提起公诉的实体条件

实体条件包括两个：一是犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分；二是依法应当追究刑事责任。

所谓犯罪事实已经查清，是指检察机关对下列事实已经查证属实：

（1）确定犯罪嫌疑人实施的行为是犯罪，而不是合法行为或者一般违法行为的事实；

（2）确定被告人应当负刑事责任，而不是不负刑事责任或者可以免除刑事责任的事实，例如犯罪嫌疑人的年龄、精神状况等；

（3）确定犯罪嫌疑人实施的是某一种或某几种性质的犯罪的事实；

（4）确定对犯罪嫌疑人应当或者可以从轻、减轻或者从重处罚的量刑情节的事实。查清上述事实，就符合犯罪嫌疑人的事实已经查清的条件。根据《人民检察院刑事诉讼规则》的规定，具有下列情形之一的，可以确认犯罪事实已经查清：

（1）属于单一罪行的案件，与定罪量刑有关的事实已经查清，不影响定罪量刑的事实无法查清的；

（2）属于数个罪行的案件，部分罪行已经查清并符合起诉条件，其他罪行无法查清的；

（3）无法查清作案工具、赃物的去向，但有其他证据足以对被告人定罪量刑的；

（4）言词证据中主要情节一致，只有个别情节不一致且不影响定罪的。

证据确实、充分，是指指控的犯罪事实都有相应的证据予以证明，且证据之间、证据与案件事实之间不存在矛盾，足以排除非被告人作案的可能性。

案件的某些证据链条上确实存在着重大问题的情况下，人民检察院就必须要退回补充侦查，退补侦查并不针对任何人，而是只针对当前的刑事案件的。如果公安机关一直都没有办法完成补充侦查的相关工作，那人民法院也没有权利在证据不充足的情况下量刑的，由人民检察院来审核案件现在来看也是必不可少的程序之一。