公安机关对聚众斗殴刑事案件进行立案后，案件是不会自动撤销的，只有经公安机关侦查后，没有犯罪现实或者犯罪情节轻微的，才会撤销案件。聚众斗殴罪是指为了报复他人、争霸一方或者其他不正当目的，纠集众人成帮结伙地互相进行殴斗，破坏公共秩序的行为。撤销的条件是：根据《刑事诉讼法》第十六条：有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;(二)犯罪已过追诉时效期限的;(三)经特赦令免除刑罚的;(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。所以，如果立案后发现聚众斗殴罪情节显著轻微，或者犯罪嫌疑人死亡，经特赦令免除刑罚，或者已过追诉时效，是可以并且应当撤销的。