环境行政处分和环境行政处罚虽然都是环境行政主体所作的制裁行为，但两者从根本上说是不同的行政制裁方式，其区别主要表现为：

1.制裁的对象不同。环境行政处罚制裁的对象是违反环境行政法律规范的公民、法人或其他组织;环境行政处分的对象仅限于环境行政主体系统内部的公务员。

2.采取的形式不同。环境行政处罚的形式有：警告、罚款、责令停产停业、责令重新安装或使用、责令支付消除污染费用、责令赔偿国家损失等;行政处分的种类有警告、记过、记大过、降级、撤职和开除六种形式。

3.行为的性质不同。环境行政处罚属于外部行政行为，以行政管辖关系为基础;环境行政处分属于内部行政行为，以行政隶属关系为前提。

4.所依据的法律、法规不同。环境行政处罚依据的是有关污染防治和自然资源保护方面的法律、法规，如《环境保护法》，《大气污染防治法》，《矿产资源法》等;环境行政处分则由有关行政机关工作人员或公务员的法律规范调整，如《国家公务员暂行条例》、《行政监察条例》等。

5.救济途径不同。对环境行政处罚不服的，除法律、法规另有规定外，环境行政相对人可申请复议或提起行政诉讼;对于环境行政处分不服的，被处分的公务员只能向作出处分决定的机关的上一级机关或监察部门申诉。

在司法实践中，对于环境行政处罚的具体情况，有权行政机关应当严格基于相关法律规范和实际的违法行为来进行处理。特别是对于造成了严重后果的，如因环境违法行为导致了严重的经济损失或者恶劣的社会影响的，还需要按照刑事处罚的有关规定来处理。