申请工伤认定的材料不全的话，那么就需要根据缺少材料进行补齐，如果不能补齐的话是不予受理的。如果材料在单位手中和单位出现纠纷，可以申请劳动仲裁进行维权的。

依据《工伤保险条例》

第十七条职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。

用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其直系亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。

按照本条第一款规定应当由省级社会保险行政部门进行工伤认定的事项，根据属地原则由用人单位所在地的设区的市级社会保险行政部门办理。

用人单位未在本条第一款规定的时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担。

一、申请工伤认定时间

1、申请工伤认定、伤残鉴定时间都是60日内。

2、《工伤保险条例》

第二十条社会保险行政部门应当自受理工伤认定申请之日起60日内作出工伤认定的决定，并书面通知申请工伤认定的职工或者其近亲属和该职工所在单位。

社会保险行政部门对受理的事实清楚、权利义务明确的工伤认定申请，应当在15日内作出工伤认定的决定。

作出工伤认定决定需要以司法机关或者有关行政主管部门的结论为依据的，在司法机关或者有关行政主管部门尚未作出结论期间，作出工伤认定决定的时限中止。

社会保险行政部门工作人员与工伤认定申请人有利害关系的，应当回避。

二、申请工伤认定程序

1、申请环节。工伤保险部门根据申请人提交的材料出具《收件回执》，如材料不齐的出具《补齐材料告知书》；

2、受理环节。基本资料收齐核实且符合受理条件后，工伤保险经办部门对符合受理条件的予以受理，出具《受理通知书》，对不符合条件的出具《不予受理决定书》；

3、承办环节。如申请人为受伤害的职工或其近亲属、工会组织，工伤保险部门应向用人单位发出《关于伤亡事故调查处理的通知》，核实有关情况。收到用人单位书面回复后，如双方有争议，工伤部门进行调查、核实；

4、办结环节。工伤保险部门就正式受理之日起60日内做出工伤认定的书面决定，并于20个工作日内送达申请工伤认定的职工或者其近亲属、工会组织以及该职工所在单位。