医保卡跨省转移余额不会清零。

根据最新规定，现在医保卡里面的钱是不会清零的，因为医保卡里的钱是可以累计计算的，可以用支付医疗费用。只要参保人的医保卡里面有钱，就可以用来买药、看病、住院，可以享受一定的优惠待遇。

《社会保险法》第四条

中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个人权益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。

个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。