合作医疗出院的时候是直接报销的。详细内容如下：

1、参合农民在县内定点医疗机构就诊，不需办理转诊手续；

2、转诊到县外定点医疗机构就诊者，须持县级定点医疗机构的诊断和转诊证明报县合管办审批；

3、经批准登记并在出院10日内持有关证件到县合管办按照市级或市级以外就诊执行补助，否则不予补助；

4、为照顾到部分参合农民在县外就诊后因跨年度的原因不能及时按照要求返回县内进行补偿，该县每年都会将跨年度补偿的时间延后至本年度的2月底。

不纳入新农合基金支付范围的情况：

1、应当由公共卫生负担的；

2、应当从工伤保险基金中支付的；

3、应当由第三人负担的；

4、因故意犯罪、酗酒、吸毒、自杀、自残、斗殴等造成的；

5、在境外就医的；

6、超出新农合报销基本药物目录、基本诊疗项目和医疗服务设施目录范围的。

法律依据：《中华人民共和国社会保障卡管理办法》第六条

发行社会保障卡的地区应建立规范的人力资源社会保障业务流程，各项业务间具有较强的综合协调性，能够保证社会保障卡的有效应用。同时，还应具备以下技术条件：

（一）建立为社会保障卡应用提供后台支持的业务管理系统、数据库和适于用卡方式的信息网络；

（二）具备支持社会保障卡管理和应用的技术力量，包括人员、设备等，能够快速完成社会保障卡应用的系统布局；

（三）制定规范可行的实施方案，包括应用设计方案、费用解决方案、信息采集方案和具体发行方案等；

（四）建立科学完善的社会保障卡发行、管理制度和明确的内部控制程序，并制定应对突发事件的预案；

（五）人力资源社会保障部规定的其他条件。

合作医疗出院后还能报销吗？

新农合出院报销是有时间限制的，要求在出院10日内办理报销手续，医院结算直接结算的。参合人员在报销未及时结报住院医疗费用，应在出院后3个月内持相关资料到户籍所在地镇（街道）农医办办理报销手续。当年发生的医疗费原则上在次年的1月底前必须结清。