工程质量保证金指的是在建设工程承包合同中，发包人跟承包人约定，从工程款里面预留一些资金来保证承包人在缺陷责任期内会担保承包维修的工程出现的缺陷，并进行维修。工程质量保证金跟质量保修金都是工程的承包人为了保证施工合同的质量提出的一种担保。质量保证金主要是担保建设工程完工以前出现的质量问题，而质量保修金则是担保工程完工验收交付使用以后出现的质量问题。

为了规范建设工程的质量，落实工程出现缺陷时的维修责任。国务院公布了《建设工程质量保证金管理办法》。

该管理办法规定了：

1.建设工程质量保证金的含义以及对缺陷的定义。质量保证金指的是承包人跟发包人的约定，从应付工程款中保留一部分作为保证金，保证缺陷工程的维修。同时约定了发包方跟承包方可以约定缺陷责任期，但是最长不超过两年。

2.管理办法明确规定发包人必须在合同中写清楚保证金，预留、返还等的内容，明确保证金预留的比例，返还的方式，利息等等。

3.缺陷责任期内，如果建设工程项目是国库集中支付的政府投资项目，管理保证金的方式应当按照国库集中支付的规定去执行。

4.如果是其他项目的话，保证金可以预留给发包方。如果是社会投资项目的，保证金，可以交给第三方金融机构代为保管。

此外，管理办法还规定了发包人不能收取保证金的情况：

1.工程竣工之前，如果承包人已经缴纳履约保证金的，发包人不能再要求承包人预留工程质量保证金。

2.承包人如果是采用其他保证方式来进行担保的，发包人也不得再预留保证金。

3.合同中有约定保证金预留方式的，发包人应当按照合同的约定来预留保证金，保证金的预留比例不能超过工程价款的3%。