小明是在叶-女士在与刘先生结婚后所生，刘先生虽然知道小明不是他的亲生子，但仍精心抚养其长大，他与小明之间已形成了类似于继父子关系的事实上的养父子关系。

最高人民法院《关于人民法院审理离婚案件处理子女抚养问题的若干具体意见》第13条规定：“生父与继母或生母与继父离婚时，对曾受其抚养教育的继子女，继父或继母不同意继续抚养的，仍应由生父母抚养。”根据该规定可知，对于已经形成了抚养教育关系的继父(母)子(女)，在父(母)与继母(继父)离婚后，对曾受其抚养教育的继子女，继父或继母同意继续抚养的，可以考虑由继父或继母同意继续抚养。小明的抚养问题，可参照上述规定解决。

但是，根据我国《民法典》的相关规定，小明由谁抚养，应该看哪一方的抚养对小明的健康成长更有利。叶-女士是小明的母亲，但她下落不明多年，基本上没有尽到抚养小明的义务。而小明随刘先生生活的时间较长，刘先生对他抚养教育较多，如果改变他的生活环境，对他的健康成长明显不利，继续由刘先生抚养对小明更有利。因此，根据最高人民法院《关于人民法院审理离婚案件处理子女抚养问题的若干具体意见》第一千零四十六条“父母双方对10周岁以上的未成年子女随父或随母生活发生争执的，应考虑该子女的意见”之规定以及第一千零四十二条“对2周岁以上未成年的子女，父方和母方均要求随其生活，一方有下列情形之一的，可予优先考虑……(2)子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利的……”之规定，法院在尊重小明意见的基础上，综合相关条件，也可以判决小明由刘先生抚养。