补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当与补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。1、只要不违反法律的禁止性和限制性规定，且充分尊重当事人双方的意思自治，协议内容合法有效的话，补充协议与主合同的效力是同等的。2、在补充协议与主合同发生冲突时，视为对主合同的变更或撤消，其效力优于主合同。即补充合同中与主合同相冲突的条款，补充协议的条款优先适用。

补充协议是否有效呢？

补充协议是否有效需要按实际情况判断，具体情况如下：

1、如果合同主体与相关权利义务的关系可以从补充协议的内容中确定，则补充合同是独立有效的合同，而不是原合同。因此，即使主合同无效或被撤销，补充协议的效力也不会受到影响；

2、补充协议内容不独立的，必须结合原合同内容确定合同主体和双方的权利义务，补充合同实际上是原合同，原合同有效，补充协议有效，原合同无效，补充协议无效；

3、补充协议与原合同的内容也可能存在矛盾或不一致。如果原合同和补充合同没有特别约定两份合同之间存在矛盾或不一致，则必须以哪份合同的内容为准，则补充协议的时间一般在后面，以补充协议为准。

签订合同后，发现有些事项没有达成完善的协议，往往会签订补充合同。

《中华人民共和国民法典》第一百四十四条无民事行为能力人实施的民事法律行为无效。第一百四十六条行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。以虚假的意思表示隐藏的民事法律行为的效力，依照有关法律规定处理。第一百五十三条违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。违背公序良俗的民事法律行为无效。第一百五十四条行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。第五百零五条当事人超越经营范围订立的合同的效力，应当依照本法第一编第六章第三节和本编的有关规定确定，不得仅以超越经营范围确认合同无效。