1、犯罪对象不同。

本罪生产、销售的是有毒、有害的食品，即掺入有毒、有害的非食品原料的食品，而生产、销售不符合卫生标准食品罪的犯罪对象只是未达到食品卫生标准的食品，该食品中未掺入有毒、有害的非食品原料。

2、客观方面不同。

本罪须具有在生产、销售的食品中掺入有毒、有害非食品原料的行为，而生产、销不符合卫生标准食品罪尽管也掺入有毒、有害物质从而造成食品不符合卫生标准，但加入的物质仍然是食品原料，只不过是变质、腐败或被污染了。

3、犯罪行为不同。

本罪是行为犯，只要实施客观方面要求的行为即可构成既遂，生产、销售不符合卫生标准食品罪是危险犯，只有造成严重食物中毒事故或者其他食源性疾患，对人体健康造成严重危害的，才能构成既遂。

在销售食品过程中掺杂有毒有害的物质，要按照销售有害食品罪立案。销售有害食品罪和销售不符合卫生标准的食品罪法律概念不同，犯罪的对象不同，前者要求在生产过程中加入有毒有害的非食品原材料，后者只是不符合卫生标准，并没有强调要加入有毒有害的原材料。