一、被害人不服不起诉决定提出申诉后由什么部门复查

1、被害人不服不起诉决定，在收到不起诉决定书后七日以内提出申诉的，由作出不起诉决定的人民检察院的上一级人民检察院负责捕诉的部门进行复查。

2、法律依据：《人民检察院刑事诉讼规则》第三百八十一条

二、不服不起诉决定的处理办法

1、被害人对人民检察院作出的不起诉决定不服的，可以自收到决定书后7日以内向作出不起诉决定的人民检察院的上一级人民检察院申诉，上一级人民检察院控告申诉部门应当立案复查。被害人也可向作出不起诉决定的人民检察院提出申诉，该检察院应当将申诉材料连同案卷一并报送上一级人民检察院受理。上一级人民检察院对被害人不服不起诉决定的申诉进行复查后，应当在3个月内作出复查决定，案情复杂的，最长不得超过6个月。复查决定书送达被害人和作出不起诉决定的人民检察院。

2、被不起诉人不服不起诉决定的，应自收到不起诉决定书后7日以内向作出不起诉决定的人民检察院提出申诉，由该检察院的控告申诉部门受理。复查后，以为应当维持不起诉决定的，报请检察长作出复查决定;认为应当撤销不起诉决定提起公诉的，报请检察长提交检察委员会讨论决定。

3、公安机关认为不起诉决定有错误的，可以要求复议。人民检察院审查起诉部门应另行指定检察人员进行审查并提出审查意见，经审查起诉部门负责人审核，报请检察长或检察委员会决定。人民检察院应在收到复议意见书后30日内作出复议决定，通知公安机关。公安机关认为复议决定有错误的，可以向上一级人民检察院提请复核，上一级人民检察院应在30日内作出复核决定并通知公安机关。

依据《人民检察院刑事诉讼规则》的规定，被害人不服不起诉决定，在收到不起诉决定书后七日以内提出申诉的，由作出不起诉决定的人民检察院的上一级人民检察院负责捕诉的部门进行复查。