1、发放年终奖的公司是否可以扣除，不能扣除。

原劳动部《关于贯彻执行劳动法若干问题的意见》明确规定，工资是指用人单位在年度内直接支付给职工的劳动报酬国家有关规定或者劳动合同规定的货币形式，一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴、补贴、延长工作时间的工资报酬和特殊情况下支付的工资，由此可以看出，年终奖是单位根据年度经济效益和员工年度工作业绩综合考核发放的一次性奖金。无论它以何种形式出现，如月薪、季薪、年终奖，都无法改变薪酬的根本属性。年终奖属于法定劳动报酬范畴，而不是用人单位激励和留住员工的手段。

因此，如果公司不能证明年终奖不属于法律规定的工资，应认定这里的年终奖是对基本工资的补充。《劳动合同法》第二十六条【劳动合同无效】下列劳动合同无效或者部分无效：（一）以欺诈、胁迫或者利用他人危险，违背真实意思订立或者变更劳动合同的；（二）用人单位免除法律责任，排除劳动者权利的；（三）违反法律、行政法规的强制性规定的。

对劳动合同无效或者部分无效有争议的，由劳动争议仲裁机构或者人民法院确认。其次，年终奖能否分次发放？

目前，我国法律对年终奖没有强制性规定。最终奖励的金额、时间和形式，一般由企业根据情况自行调整。劳动者与用人单位在合同中有约定的，按约定执行；没有约定的，用人单位规章制度中有奖金支付规定的，按奖金支付制度执行。因此，雇主分批发放年终奖金并不违法。