[律师分析]

我们认为，承包人追索工程款的期限与工期违约没有直接关系。承包人对工程款的索赔是针对发包人未及时结算和支付工程款。与此有关的承包人诉讼时效，自工程实际竣工后合同约定的结算期之日起计算。

合同协议书和承包人的实际竣工时间都不能作为索赔工程款的期限。追索工程款诉讼时效的起算时间为发包人应当支付工程款而不支付工程款。工程竣工后，发包人应支付工程结算款。根据《建设工程施工合同》（示范文本）第33.1条的规定，承包人应在验收合格后28天内向发包人提交竣工结算。根据第33.3条，发包人应在收到承包人的结算函后28天内审核并支付，即承包人实际竣工后的结算期为发包人收到结算函后28天，承包人申请工程款的期限，自发包人收到竣工结算后第29天起计算。