限期整改拒不整改，可以强制执行。

行政机关作出强制执行决定前，应当事先催告当事人履行义务。催告应当以书面形式作出，并载明下列事项：

1、履行义务的期限；

2、履行义务的方式；

3、涉及金钱给付的，应当有明确的金额和给付方式；

4、当事人依法享有的陈述权和申辩权。

经催告，当事人逾期仍不履行行政决定，且无正当理由的，行政机关可以作出强制执行决定。

责令限期整改指令书整改完还罚款吗？

责令限期整改指令书整改完罚款要分情况而定。如果整改之前没罚款，那么整改之后如果确实符合要求了，是可以不罚款的。这不仅需要要认真整改，而且还要有一个积极的态度，多多与检查部门沟通汇报。如果是在限内还没有整改，就会有处罚的。纳税人未按规定办理税务登记，税务机关责令限期改正，可以处以2000元以下罚款；情节严重的，处以2000元以上10000元以下罚款。

《中华人民共和国行政强制法》第三十六条当事人收到催告书后有权进行陈述和申辩。行政机关应当充分听取当事人的意见，对当事人提出的事实、理由和证据，应当进行记录、复核。当事人提出的事实、理由或者证据成立的，行政机关应当采纳。

《中华人民共和国行政强制法》第三十四条行政机关依法作出行政决定后，当事人在行政机关决定的期限内不履行义务的，具有行政强制执行权的行政机关依照本章规定强制执行。