检察院退侦两次案件会按照不起诉处理。对于第二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉决定。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在1个月以内补充侦查完毕。补充侦查以2次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。

检察院两次退侦之后，应当作出不起诉决定。根据《刑事诉讼法》的规定，人民检察院在办理审查起诉案件时，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查。补充侦查以二次为限，每次不超过一个月。对于第二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉决定。因此，对于第一次补充侦查起诉的案件，如果侦查机关无法提供更多证据的，可以选择撤案。对于第二次补充侦查的案件，检察机关不能再退回公安机关，应该做出起诉或不起诉的决定。

一、刑事案件立案程序怎么走？

1、公安机关对立案材料的接受

2、对立案材料的审查和处理

公安机关对于接受的案件或者发现的犯罪线索，应当迅速进行审查，经过审查分别作出以下处理：参见《公安机关办理刑事案件程序规定》)

(1)认为有犯罪事实，但不属于自己管辖的案件，应当在24小时内，经县级以上公安机关负责人批准，签发《移送案件通知书》，移送有管辖权的机关处理；必须采取紧急措施的，应当先采取紧急措施，然后办理手续，移送主管机关。

(2)对于告诉才处理的案件和被害人有证据证明的轻微刑事案件，应当将案件材料和有关证据送交有管辖权的人民法院，并告知当事人向人民法院起诉。

(3)对于不够刑事处罚需要给予行政处罚的，依法处理。

(4)认为没有犯罪事实，或者犯罪情节显着轻微不需要追究刑事责任，或者具有其他依法不追究刑事责任情形的，接受单位应当制作《呈请不予立案报告书》，经县级以上公安机关负责人批准，不予立案；有控告人的案件应当制作《不予立案通知书》，七日内送达控告人。

(5)认为有犯罪事实，需要追究刑事责任且属自己管辖的，由接受单位制作《刑事案件立案报告书》，经县级以上公安机关负责人批准予以立案。