1．公司这么做是为了在发生劳动争议的时候少支付加班工资或者补偿金等。劳动者的实际工资比劳动合同的工资高，劳动者务必要保存实际工资水平的证据，尤其是现金支付工资，务必保存好工资单。如果有劳动争议，公司往往会按劳动合同主张工资标准。如果劳动者不能证明实际工资水平的，仲裁委会按劳动合同确定工资标准，这样加班工资，补偿金等都会变少。

2．公司应当按照实际工资缴纳社保，如果按劳动合同上的工资缴纳社保，就少缴了，可以去社保局投诉，社保局可以责令公司补缴社保。公司少缴社保，劳动者可以单方解除劳动合同并要求支付经济补偿金。

3．《社会保险法》第八十六条用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，由社会保险费征收机构责令限期缴纳或者补足，并自欠缴之日起，按日加收万分之五的滞纳金；逾期仍不缴纳的，由有关行政部门处欠缴数额一倍以上三倍以下的罚款。

《劳动合同法》

第三十八条用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：

（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；

（二）未及时足额支付劳动报酬的；

（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；

（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；

（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；

（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。

第四十六条有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：

其实公司将劳动合同的工资写的比较低是在钻法律的空子，由于法律没有规定实际工资比合约工资高的情况下怎么处理，但是支付五险一金以及劳动者在周末、节假日以及下班后加班费用时都是按照平时工资来进行支付的，甚至工伤的赔偿都是按照合约工资来算。

《中华人民共和国社会保险法》：第三章 基本医疗保险 第二十六条 职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。