1、目的的不同：计算机软件著作权登记---属于权利上的登记，目的在于确权，为今后追究第三方侵权留下足够的证据;软件产品登记---目的在于投放市场，确保拥有一个合法的身份。

2、负责管理和登记的部门的不同：计算机软件著作权登记部门为中国版权保护中心;软件产品登记：国内软件产品登记由各省市软件行业协会予以受理和认定。进口软件产品(含进口软件本地化产品)的登记申请，统一由中国软件行业协会受理，最终经信息产业部审查批准后，核发软件产品登记号和软件产品登记证书。并由信息产业部审核备案。

3、保护期限的不同：软件著作权自软件开发完成之日起产生。自然人的软件著作权，保护期为自然人终生及其死亡后50年，截止于自然人死亡后第50年的12月31日;软件是合作开发的，截止于最后死亡的自然人死亡后第50年的12月31日。法人或者其他组织的软件著作权，保护期为50年，截止于软件首次发表后第50年的12月31日，但软件自开发完成之日起50年内未发表的，本条例不再保护。软件产品登记保护期限为5年。软件产品登记的程序是先有著作权证和相关营业执照外加测试合格证书才能进行产品登记。著作权是你的权属所在，是软件开发完后可以自动或法律上登记程序而得到。软件产品登记是你具有了三证后，具有了软件产品进入市场销售的法律凭证。(简单点就是销售许可证)

4、计算机软件著作权保护的对象是计算机软件，不延及开发软件所用的思想、处理过程、操作方法或者数学概念等。计算机软件，指计算机程序及其有关文档。软件著作权登记工作是为贯彻著作权法的实施，适应著作权人和有关权利人的实际需要而设立的，这些工作在明确著作权人的合法权利等方面发挥着积极的作用。软件著作权登记是办理软件产品登记的前提。