股权确认纠纷的处理方法如下：

1、有限责任公司投资者履行出资义务或者股权受让人转让股权后，公司未向其出具出资证明或者记录在公司股东名册上的，股东可以向人民法院提起诉讼，要求公司履行出具记录义务；

2、股份有限公司公司成立后，履行出资义务的股东有权要求公司交付股份。公司不交付的，股东可以向人民法院提起诉讼，要求公司履行交付义务；

3、记录在有限责任公司股东名册上的公司股东向公司主张股东权利。公司没有相反证据证明其请求不合理的，人民法院应当予以支持。

股权确认纠纷是否适用诉讼时效

股权确认纠纷诉讼时效适用一般的诉讼时效，是3年。自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护；有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

《中华人民共和国公司法》第二十条公司股东应当遵守法律、行政法规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益；不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人的利益。

公司股东滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的，应当依法承担赔偿责任。

公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。