关于房屋所有权证办理困难的问题，主要原因在于地产开发商在进行房地产项目开发时必须获得规划、住房建设以及国土资源等政府部门所颁发的有关审批证书，然而，在司法机关处理相关诉讼案件的过程中，想要精确且及时地提供与房产证办理事宜相关的信息确属不易，这便促使了拍卖房屋的所有权证书办理工作的复杂性增加。

其次，由于在司法机关委托拍卖机构进行拍卖活动时，往往仅对明显可见的瑕疵进行简略叙述，对于那些隐藏在房屋内在并暂未显露的质量问题，则没有给予足够重视和反映。

《民事诉讼法》第二百四十七条

财产被查封、扣押后，执行员应当责令被执行人在指定期间履行法律文书确定的义务。被执行人逾期不履行的，人民法院应当拍卖被查封、扣押的财产；不适于拍卖或者当事人双方同意不进行拍卖的，人民法院可以委托有关单位变卖或者自行变卖。国家禁止自由买卖的物品，交有关单位按照国家规定的价格收购。