农村集体土地使用证变更流程如下：

1、向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出变更登记申请；

2、提交材料；

3、审核材料；

4、审核通过后，登记造册，核发集体土地使用权证书。

根据《土地管理法实施条例》第六条第一款的规定，依法改变土地所有权、使用权的，因依法转让地上建筑物、构筑物等附着物导致土地使用权转移的，必须向土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地变更登记申请，由原土地登记机关依法进行土地所有权、使用权变更登记。土地所有权、使用权的变更，自变更登记之日起生效。

农村集体土地使用证办理程序

（一）申请

1、由农村村民个人向所属乡镇国土资源管理所提出申请，领取土地登记申请审批表。2、提交个人身份证或农村居民户口簿复印件一份。

3、土地权属材料（82年5月14日以前，提交村、队权属来源证明书；82年5月14日以后，提交农村建房使用证；97年4月以后提交农村建房申请书、农村建设用地批准书等）。

（二）调查

由乡镇国土资源管理所对申请者的用地进行地籍调查、地籍测量、申请人现场指界、邻宗地签字盖章，填写地籍调查表，绘制宗地草图。

（三）审核

先由乡镇国土资源管理所进行审核，再报县国土资源局审核，审核用地材料是否合法，用地界线是否无争议，用地面积是否准确。

（四）审批

经审核符合“用地面积清楚，界址准确，权属合法，无争议”原则的，可批准并进行张榜公布，在公布一个月内无单位或个人对其提出争议的，由县人民政府颁发集体土地使用证。

《土地管理法实施条例》第六条第一款

依法改变土地所有权、使用权的，因依法转让地上建筑物、构筑物等附着物导致土地使用权转移的，必须向土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地变更登记申请，由原土地登记机关依法进行土地所有权、使用权变更登记。土地所有权、使用权的变更，自变更登记之日起生效。