个体工商户签订合伙协议，如果协议是合伙人各方在平等、自愿，协商一致的基础上签订的，且协议内容不违反法律法规的强制性规定，那么合伙协议是有效的。

一、公司与普通合伙企业的区别是什么

合伙企业是指由各合伙人订立合伙协议，共同出资，共同经营，共享有收益，共担风险，并对企业债务承担无限连带责任的营利性组织。公司是依照公司法在中国境内设立的有限责任公司和股份有限公司，是以营利为目的的企业法人。两者的主要区别：(1)成立基础不同。公司成立的基础是公司章程，合伙企业成立的基础是合伙人之间签订的合伙协议，是合伙人之间的合意。(2)法律地位不同。公司是法人企业，具有法人资格;合伙企业是自然人企业，没有法人资格。(3)法律性质不同。公司是资本的联合，各股东的平等是在股份基础上的平等，股东依其持股数分享权利;合伙企业强调人的联合，合伙人之间是平等的，一般都可以代表企业对外发生业务关系，而且在合伙协议没有特殊规定的情况下，合伙人对企业的管理和利润的分配有着平等的分享权。(4)出资人承担的风险不同。合伙企业承担无限连带责任，即合伙人共负盈亏，合伙人个人的财产也需要还企业的债务。公司承担是有限责任，即以公司的财产承担公司的债务，不足部分股东个人财产不承担。

二、如果合伙协议和公司章程起冲突了要怎么办？

合伙协议和公司章程发生冲突的处理方式：原则上按照生效时间先后决定。但当事人另有约定的除外。根据相关规定，合伙协议依法由全体合伙人协商一致、以书面形式订立。合伙协议成立在先的，应当适用公司章程；公司章程成立在先的，应当适用合伙协议。

三、合同上盖业务专用章有效吗

合同上盖业务专用章有效。只要双方当事人是意思表示达成一致而签订的协议，且双方当事人具有相应的行为能力，且协议内容没有违反法律法规及社会公序良俗的，就都是有效的。

根据《民法典》第一百四十三条的规定，具备下列条件的民事法律行为有效：

（一）行为人具有相应的民事行为能力；

（二）意思表示真实；

（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。