公司部门合并之后，被合并公司的员工，因薪酬、岗位、福利等因素会发生变化，员工可以自由选择去留，如果选择离开，员工可以向公司申请一定的补偿。

一、如何安排公司合并后的员工工作

公司合并后员工与原公司签订的合同继续履行，员工继续留在合并后的公司工作。

如果合并后的公司与员工解除合同，或者因为薪酬、岗位、福利等因素变化员工选择离职的，则合并后的公司需要在解除劳动合同后支付劳动经济补偿金。

经济补偿金按照员工在单位工作每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

二、公司吸收合并后员工的处理

公司合并后，被合并公司的员工，因薪酬、岗位、福利等因素变化，员工有权自由选择去留。若员工选择离开，公司需要对员工进行相应补偿。

对员工的补偿包括：现金支付形式、股权支付形式和债权支付形式。

三种方式是针对企业的支付能力来确定的，如果改制企业的支付能力比较差，可以将员工的经济补偿金转为改制企业的负债，同时减少相应的企业净资产。