增值税专用发票作废有两种方式，一种是全部联次注明“作废”字样或加盖“作废”戳记作废;另一种是通过开具红字专用发票作废。

常见的发票作废情况主要有以下三种：

1、用票单位和个人开发票后，如果发生销货退回需开红字发票的，必须收回原发票并注明“作废”字样或者取得对方的有效凭证。

2、开具发票时发生错误、误填等情况需要重开发票的，可以在原发票上注明“作废”字样后，重新开具。同时，如果专用发票开具后因购货方不索取而成为废票的，也应该按填写有误办理。

3、发生销售折让的，在收回原发票并注明“作废”字样后，重新开具销售发票;需要注意的是，开具专用发票填写有误的，应当另行开具，并在误填的专用发票上注明“误填作废”四个字。

另外，国税发[2006]156号文件规定，增值税一般纳税人在开具专用发票当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理;开具时发现有误的，可即时作废。销售方开具专用发票时发现有误，发票联、抵扣联尚未交付给购买方的，可当月即时作废。

对开出的专用发票再作废需要同时具备三个条件：一是收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票的当月;二是销售方未抄税并且未记账;三是购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”或“专用发票代码、号码认证不符”。

需要注意的是，专用发票作废需要在纸质和电子双重环境下操作，不能漏了任何一方。如果只进行了手工作废，而防伪税控系统没有进行作废处理，则不仅专用发票不能作废，而且还造成数据比对不符。