侵权纠纷可以适用协议管辖，但只能约定侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。依据我国相关法律的规定，因侵权行为造成纠纷的，双方协商处理纠纷时，可以协议中约定管辖权，但只能约定侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。

如何确定专利侵权纠纷的管辖法院

1、依被告住所地确定管辖法院。

被告住所地的人民法院具有专利案件管辖权的，由被告住所地的人民法院管辖。如果被告住所地的人民法院没有管辖权的，由被告住所地的省、自治区、直辖市人民政府所在地的中级人民法院管辖。

2、依侵权行为地确定管辖法院。侵权行为地包括侵权行为的实施地，也包括侵权结果的发生地。

（1）原告仅起诉制造者的，侵权产品的制造地与销售地不一致的，制造地的人民法院有管辖权。

（2）原告同时起诉制造者和销售者的，制造地和销售地的人民法院都有管辖权。此时，当事人可以选择向其中一个法院起诉。

（3）销售者是制造者的分支机构的，原告向销售地的人民法院起诉制造者的制造、销售行为的，销售地人民法院有管辖权。

《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。