1、宅基地使用权被非法侵害的，由当事人协商处理。

2、如果协商不成的，可以向人民政府投诉。

3、对处理结果不服的，可以向人民法院起诉。

4、法律依据：《中华人民共和国土地管理法》第十四条土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。

单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。

当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。

在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。

一、宅基地纠纷确权可以通过什么方式

1、由宅基地的使用权人，也就是现在在使用宅基地的人，领取由当地的土地管理部门印发的《农村宅基地使用权申报登记表》，这个是一家的一个宅基地只能填写一份，这就意味着，如果有两个以上宅基地的农民只能确权一处宅基地。

2、村民使用的宅基地还要当地村委会或者镇政府出具土地来源的证明，比如宅基地的审批手续，房屋的规划许可证等手续。

3、当地的国土部门根据农民的申请，对农民自有的宅基地范围、界线、权属性质、用途等情况进行实地调查、记录并经相邻各方认定，填写宅基地地籍调查表，绘制宗地草图，为地籍测量作准备。村里最近常见的测量队，他们主要负责对农民的宅基地界定位置。

4、测量过程中，还要组织这块地的相邻地块的农民一起去现场指认各自界限，并且在双方都认可的界限、界址点共同签名盖章。

5、测量完毕，经土地主管部门审核，认为界限清楚没有争议的进行公告。并写明如谁对这块宅基地有异议的要在多久提出。

6、经过公告，而且没有人提出异议的宅基地，在公告期满后，由当地县政府签发农村宅基地使用权证。至此，农民才算是拿到了宅基地使用权证，这块宅基地才能算是农民所有的。