房屋拆迁中存在的主要问题有：一是拆迁补偿价格与市场实际价格严重不符。一是拆迁补偿标准过低。一些地方政府通过拆迁人的申请、价格、土地、建设等部门的配合，而不是房屋拆迁市场主体的自由选择，单方面确定补偿标准。因此，补偿价格与市场价格相差甚远，补偿价格远低于同区域商品房价格，甚至低于同区域二手房价格，主观上造成购房者的经济负担。二是房价上涨，补偿价格不变。近年来，土地使用权出让价格、商品房价格、二手房价格不断上涨，而地方政府制定的补偿标准却停滞不前多年，给被拆迁人造成了巨大的利益损失。三是现行法律法规对被拆迁人的土地使用权补偿没有明确规定。拆迁补偿只对被拆迁人的地上建筑物进行补偿，但对土地使用权未进行适当补偿。土地使用权丧失所造成的损失，仅以房屋补偿的名义难以完全覆盖。二是公益性拆迁与商业性拆迁没有具体明确的界定。主要表现在：

首先，《城市房屋拆迁管理条例》没有区分拆迁项目的公益性和商业性，注重对开发商利益的保护，使被拆迁人的利益得不到有效延伸。一些地方政府以个人利益服从“公共利益”为由，非法干预商业性强制拆迁。其次，我国现行法律对公共利益的内涵没有具体规定，导致行政权力在实际拆迁工作中被扩大为政府的强制拆迁。一些地方政府在一些开发项目上打着“公共利益”的幌子，借助政府公权力侵犯被拆迁人的私有财产权。第三，一些地方政府对住房短缺、区位偏僻、“拆迁致贫”等问题重视不够。