1、概念不同；

2、划分标准不同。

具体分析如下：

行政机关：是指依法行使国家权力、执行国家行政职能的机关。从广义上讲，行政机关是一级政府机关的总称，即国家政权组织中执行国家法律，从事国家政务、机关内部事务和社会公共事务管理的政府机关及其工作部门。从狭义上讲，行政机关仅指政府机关内部的综合办事机构，即办公厅(室)，它是在行政首长直接领导下处理各种事务、辅助进行全面管理工作的机构。

行政机构：亦称政府机构，是行政管理活动的重要主体，是行政权力、政府职能的物质载体。

行政机构是指行政机关内部的或者派出的、一般对外不能以自己名义发布决定和命令的单位，其行为的对外法律后果归属于其所属的行政机关。在中国，有两类行政机构。一类是行政机关的内部机构，它们由于其所属行政机关的级别不同而有不同的行政级别，在称谓上表现为室、科、处、司等。另一类是行政机关的派出机构，如公安派出所、税务所、工商所等。无论是内部机构还是派出机构，都与行政机关不同，通常不被视为行政主体。但是，在特定情况下，如果法律、法规给予其特别投权，使其在一定范围内具备了独立行使行政职权的资格，那么，它们就成为行政主体。