合并后修改公司章程的过程如下：

1、公司董事会作出修改公司章程的决议，并提出修改公司章程的草案；

2、股东会对章程修改条款进行表决；

3、公司章程修改涉及需要审批的事项，报政府主管部门批准；

4、公司章程修改涉及登记事项的，报公司登记机关批准，办理变更登记；未涉及登记事项的，送公司登记机关备案；

5、公司章程修改涉及需要公告的，应当依法公告。

公司章程怎么修改

（一）由公司董事会作出对公司章程修改的决议，还有提出章程的修改草案；

（二）股东会对章程修改条款进行表决。有限责任公司修改公司章程，须要经过有代表三分之二以上的表决权的股东同意通过；股份有限公司修改章程，须经出席股东大会的股东所持表决权的三分之二以上通过；

（三）公司章程的修改有关到需要进行审批的事项之时，报政府的主管机关进行批准。如股份有限公司由于注册资本而发行新股之时，必须要向国务院有过授权的部门或是省级人民政府申请批准；属于向社会进行公开募集的，须要经国务院证券管理部门的批准；

（四）公司章程的修改涉及到需要登记事宜的，报给公司登记机关核准，办理变更登记；未涉及登记事项，送公司登记机关备案；

（五）公司章程的修改有关到需要进行公告事项的，应依法进行公告。如公司发行新股募足股款后，必须依法定或是公司章程规定的方式进行公告；

（六）修改章程需向公司登记机关提交股东会决议及章程修正案，若涉及登记事项，须要有公司的法人签章才能完成变更。

《中华人民共和国公司法》第十一条设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。