农村征地补偿款纠纷应该以土地承包经营权纠纷或是农村土地承包合同纠纷为案由立案。具体有：

1、土地承包经营权纠纷，在其项下又分为土地承包经营权确认纠纷和承包地征收补偿费用分配纠纷四级案由，前述8种类型的矛盾纠纷的前7种即确定为此类案由。

(1)土地承包经营权确认纠纷是指就土地承包经营权是否成立及其归属和内容的发生的纠纷;

(2)承包地征收补偿费用分配纠纷是指承包经营的土地被国家依法定程序征收后，国家按照法律规定给予失地者的补偿费用，包括土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费并由此而发生的纠纷。

2、农村土地承包合同纠纷，在其项下又分为土地承包经营权转包合同纠纷、土地承包经营权转让合同纠纷、土地承包经营权互换合同纠纷等5种四级案由。前述8种类型的矛盾纠纷的第8种即确定为此类案由。

(1)土地承包经营权转包合同是指承包人将通过家庭承包方式取得的土地承包经营权转给其他人承包而签订的合同。

(2)土地承包经营权转让合同是指农村土地承包人依法将农村土地承包经营权转让给他人经营而签订的合同。

(3)土地承包经营权互换合同是指农村土地承包人将通过家庭承包方式取得的农村土地承包经营权与他人互换而签订的合同。

土地征收的的决定应当由县级以上的行政机关进行审批，征地方案以及征地的补偿方案决定之后，应当向社会进行公告，公告的机关应当是县级行政机关，在土地征收之前，被征地范围内的村民等应当主动去国土资源管理部门进行征地登记。

一、土地承包经营权人指谁

依据民法典的规定，土地承包经营权人其实就是指承包人，承包人与发包人签订土地承包合同后，取得农村土地承包的经营权。

相关法律规定：《中华人民共和国民法典》中规定，承包方承包土地后，享有土地承包经营权，可以自己经营，也可以保留土地承包权，流转其承包地的土地经营权，由他人经营。

承包合同自成立之日起生效。承包方自承包合同生效时取得土地承包经营权。

国家对耕地、林地和草地等实行统一登记，登记机构应当向承包方颁发土地承包经营权证或者林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。

土地承包经营权证或者林权证等证书应当将具有土地承包经营权的全部家庭成员列入。

登记机构除按规定收取证书工本费外，不得收取其他费用。